Дүрт нуклеин кислотасын көчәйтү эше Эфиопиядә SARS-CoV-2ны ачыклау

Nature.com сайтына кергәнегез өчен рәхмәт. Сез чикләнгән CSS ярдәме белән браузер версиясен кулланасыз. Иң яхшы тәҗрибә өчен без яңартылган браузерны кулланырга киңәш итәбез (яки Internet Explorer'та туры килү режимын сүндерегез). Моннан тыш, дәвамлы ярдәмне тәэмин итү өчен, без сайтны стильләр һәм JavaScriptсыз күрсәтәбез.
Берьюлы өч слайд карусельен күрсәтә. Алдагы һәм Киләсе төймәләрне берьюлы өч слайд аша күчерү өчен кулланыгыз, яки ахырда слайдер төймәләрен берьюлы өч слайд аша күчерегез.
2019 коронавирус авыруы (COVID-19) башланганнан бирле, күп коммерция нуклеин кислотасын көчәйтү сынаулары (NAAT) бөтен дөньяда эшләнде һәм стандарт анализларга әйләнде. Берничә тест тиз эшләнсә дә, лаборатория диагностик тестларына кулланылса да, бу тестларның эше төрле шартларда бәяләнмәде. Шуңа күрә, бу тикшеренү Эбботт SARS-CoV-2, Daan Gen, BGI, һәм Sansure Biotech анализларын композит белешмә стандарты (CRS) ярдәмендә бәяләүгә юнәлтелгән. Тикшеренү Эфиопия Халык Сәламәтлеге Институтында (EPHI) 2020 елның 1-30 декабрендә үткәрелде. QIAamp RNA мини комплекты һәм Эбботт ДНК үрнәген әзерләү системасы ярдәмендә 164 насофарингаль үрнәк алынды. 164 үрнәкнең 59,1% уңай, 40,9% CRS өчен тискәре. Sansure Biotech уңайлыгы CRS белән чагыштырганда түбән иде (p <0.05). Sansure Biotech уңайлыгы CRS белән чагыштырганда түбән иде (p <0.05). Положительные результаты Сансур Биотех былы значительно ниже по сравнению с CRS (p <0,05). Sansure Biotech-ның уңай нәтиҗәләре CRS белән чагыштырганда түбән иде (p <0.05).与 CRS 相比， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0.05 ）。与 CRS 相比， Sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0.05 ）。 U Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). Sansure Biotech CRS белән чагыштырганда уңай нәтиҗәләргә караганда азрак булган (p <0.05).Дүрт анализның гомуми килешүе CRS белән чагыштырганда 96,3-100% иде. Sansure Biotech анализының түбән позитивлык дәрәҗәсенә өстәп, дүрт анализның эше чагыштырырлык диярлек. Шулай итеп, Sansure Biotech [Тикшерү генә (RUO)] анализы Эфиопиядә куллану өчен өстәмә тикшерүне таләп итә. Ниһаять, җитештерүчеләрнең таләпләре белән бәяләүләрне бәяләү өчен өстәмә тикшеренүләр каралырга тиеш.
Лаборатория сынаулары Бөтендөнья сәламәтлек саклау оешмасының (БСО) Коронавирус авырулары өчен стратегик планының бер өлеше (COVID-19) әзерлек һәм җавап (SPRP). БСО киңәш итә, илләргә әзерлекне яхшырту, эш белән идарә итү, уяулык һәм халык сәламәтлеге проблемаларына тиз җавап бирү өчен лаборатория потенциалын булдырырга кирәк. Бу лабораториянең роле барлыкка килүче йогышлы агентларның авыруларын һәм эпидемиологиясен характерлау һәм аларның таралышын контрольдә тоту өчен ачкыч булуын күрсәтә.
COVID-19 диагнозы эпидемиологик һәм медицина мәгълүматларын, шәхси симптомнарны / билгеләрне, радиографик һәм лаборатория мәгълүматларын таләп итә2. COVID-19 авыруы Кытайның Вухан шәһәрендә булганнан бирле, бөтен дөньяда коммерция нуклеин кислотасын көчәйтү сынаулары (NAAT) эшләнде. Реаль вакыттагы кире транскрипция полимераз чылбыр реакциясе (rRT-PCR) каты кискен сулыш синдромы 2 (SARS-CoV-2) 3 инфекциясенә лаборатория диагностикасы өчен гадәти һәм стандарт ысул буларак кулланылды. SARS-CoV-2нең молекуляр табылуы гадәттә N (нуклеокапсид белок гены), E (конверт белок гены), һәм RdRp (РНКга бәйле РНК полимераз гены) ORF1a / b (ачык уку рамкасы 1а / б) нигезендә ясала. . ген) вируслы геномнан ачыкланган төбәк. Алар вирус тану өчен вируслы геномнарда табылган төп сакланган төбәкләр булып санала4. Бу геннар арасында RdRp һәм E геннары югары аналитик ачыклау сизгерлегенә ия, N ген түбән аналитик сизгерлеккә ия5.
PCR анализларының эшләнеше төрле факторларга карап төрле булырга мөмкин: чыгару реагентлары, көчәйтү / ачыклау реагентлары, чыгару ысулы, PCR машинасының сыйфаты һәм башка кораллар. 2020 елның апреленә тугыз илдән 48 дән артык төрле диагностик җайланма COVID-196 диагностикасы өчен гадәттән тыш куллану рөхсәтен алды (EUA). Эфиопиядә 26тан артык реаль-вакыт PCR платформасы PCR-ны ачыклау өчен 26 сәламәтлек саклау учреждениесендә кулланыла, шул исәптән ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 һәм Quant-studio7. Моннан тыш, төрле PCR тест комплектлары бар, мәсәлән, Daan Gen тесты, Эбботт SARS-CoV-2 тесты, Sansure Biotech тесты, һәм SARS-CoV-2 BGI тесты. RRT-PCR бик сизгер булса да, COVID-19 булган кайбер пациентлар дөрес булмаган җыю, транспорт, саклау һәм эшкәртү, лаборатория сынаулары аркасында үрнәкләрдә вируслы рибонуклеин кислотасының (РНК) күчермәләре җитмәгәнлектән ялган тискәре нәтиҗәләр турында хәбәр итәләр. персоналның шартлары һәм эшләре8. Моннан тыш, үрнәк яки контроль бозылу, цикл бусагасы (Ct) көйләү, һәм башка патоген нуклеин кислоталары яки актив булмаган / калдыклы SARS-CoV-2 RNA белән кросс реактивлык rRT-PCR9 анализларында ялган уңай нәтиҗәләргә китерергә мөмкин. Шулай итеп, PCR тестлары чыннан да ген фрагментларын йөртүчеләрне ачыклый ала, чөнки алар хәтта чын вируслы геннарны да аера алмыйлар, шуңа күрә тестлар пациентларны түгел, йөртүчеләрне генә ачыклый ала10. Шуңа күрә, безнең шартларда стандарт ысуллар кулланып, диагностик эшне бәяләү мөһим. Күпчелек NAAT реагентлары Эфиопия Халык Сәламәтлеге Институтында (EPHI) һәм бөтен илдә булса да, аларның эффективлыгын чагыштырма бәяләү әле хәбәр ителмәгән. Шуңа күрә, бу тикшеренү SARS-CoV-2ны rRT-PCR клиник үрнәкләр ярдәмендә табу өчен коммерцияле комплектларның чагыштырма күрсәткечләрен бәяләүгә юнәлтелгән.
Бу тикшерүгә COVID-19 шикләнелгән барлыгы 164 катнашучы кертелде. Samрнәкләрнең күпчелеге дәвалау үзәкләреннән (118/164 = 72%), калган 46 (28%) катнашучы дәвалау үзәкләреннән иде. Centerзәктә дәваланмаган катнашучылар арасында 15 (9,1%) клиник шик белән, 31 (18,9%) расланган очракларның контактлары булган. Туксан өч (56,7%) катнашучы ир-атлар, катнашучыларның уртача (± SD) яше 31,10 (± 11.82) яшь иде.
Бу тикшеренүдә COVID-19 өчен дүрт тестның уңай һәм тискәре ставкалары билгеләнде. Шулай итеп, Эбботт SARS-CoV-2 анализы, Daan Gene 2019-nCoV анализы, SARS-CoV-2 BGI анализы, һәм Sansure Biotech 2019-nCoV анализы 59,1%, 58,5%, 57,9% һәм 55,5% тәшкил итте. . Позитив һәм тискәре композицион белешмә стандарт (CRS) баллары тиешенчә 97 (59,1%) һәм 67 (40,9%) булган (таблица 1). Бу тикшеренүдә CRS төшенчәсе "теләсә нинди позитив" кагыйдәгә нигезләнгән, дүрт тест нәтиҗәләреннән бер үк нәтиҗә биргән ике яки күбрәк тест нәтиҗәләре чын уңай яки тискәре саналган.
Бу тикшеренүдә без CRS белән чагыштырганда барлык анализлар өчен тискәре процент килешүен (NPA) 100% (95% CI 94,6–100) таптык. Sansure Biotechnology анализы минималь PPA 93,8% күрсәтте (95% CI 87.2-97.1) һәм Daan Gene 2019-nCoV анализы гомуми килешү 99,4% булган (95% CI 96.6-99.9). Киресенчә, SARS-CoV-2 BGI анализы һәм Sansure Biotech 2019-nCoV анализы арасында гомуми килешү тиешенчә 98,8% һәм 96,3% иде (таблица 2).
Коэнның CRS һәм Эбботт SARS-CoV-2 анализ нәтиҗәләре арасындагы каппа килешү коэффициенты тулысынча эзлекле иде (K = 1.00). Шулай ук, Коэнның kappa кыйммәтләре Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, һәм Sansure Biotech 2019-nCoV шулай ук ​​CRS (K ≥ 0.925) белән тулысынча туры килә. Бу чагыштырма анализда хи-квадрат тест (МакНемар тесты) күрсәтте, Sansure Biotech 2019-nCoV анализ нәтиҗәләре CRS нәтиҗәләреннән шактый аерылып торган (p = 0.031) (таблица 2).
Рәсемдә күрсәтелгәнчә.Эбботт SARS-CoV-2 анализының иң түбән Ct бәясе (<20 Ct) процент (RdRp һәм N ген кушылган) 87,6% һәм Sansure Biotech 2019-nCoV анализының ORF1a / b ген Ct бәясе түбән процент процентын күрсәтте Ct бәясе (<20 Ct) 50,3%, югары Ct бәясе (36-40 Ct) 3,2% иде. Эбботт SARS-CoV-2 анализының иң түбән Ct бәясе (<20 Ct) процент (RdRp һәм N ген кушылган) 87,6% һәм Sansure Biotech 2019-nCoV анализының ORF1a / b ген Ct бәясе түбән процент процентын күрсәтте Ct бәясе (<20 Ct) 50,3%, югары Ct бәясе (36-40 Ct) 3,2% иде.Рәсемдә күрсәтелгәнчә.1. (<20 Ct) соервлял 50,3%, а высокое значение Ct (36-40 Ct) совервляло 3,2%. 1, Эбботт SARS-CoV-2 (RdRp һәм N кушылган ген) анализының иң түбән Ct бәясе (<20 Ct) проценты 87,6% иде, һәм Sansure Biotech 2019-nCoV анализының Ct бәясе ORF1a / b ген анализы күрсәтте. түбән Ct бәясе (<20 Ct) 50,3%, һәм югары Ct (36-40 Ct) 3,2% тәшкил иткән.如图 1 所示， Эбботт SARS-CoV-2 检测（结合 RdRp 和 N 基因）的最低 Ct 值百分比（ <20 Ct 7. 87,6% ， Sansure Biotech 2019-nCoV 检测的 ORF1a / b 基因 Ct 值显示低 Ct值 (<20 Ct) 的百分比为 50.3% ，高 Ct 值 (36-40 Ct) 的百分比为 3,2%。 1 нче рәсемдә күрсәтелгәнчә, Абботт SARS-CoV-2 тестының иң түбән Ct бәясе (<20 Ct) (RdRp һәм N ген кушылмасы) 87,6%, Sansure Biotech 2019-nCoV тестының ORF1a / b ген Ct бәясе. түбән Ct күрсәтә (<20 Ct) 的 процент 50,3%, 高 Ct 值 (36-40 Ct) 的 процент 3,2%. Как показано на рисунке 1, мат Абботт SARS-CoV-2 (сочетающий зыды RdRp и N) Имел самое низкое адное значение Ct (<20 Ct) в размере 87,6%, значение Ct чиня ORF1a / b в исследовании. - Аназия nCoV показал низкий Кт. 1 нче рәсемдә күрсәтелгәнчә, Эбботт SARS-CoV-2 анализы (RdRp һәм N геннарын берләштереп) иң түбән процент Ct бәясе (<20 Ct) 87,6% булган, ә Сансурада ORF1a / b генның Ct бәясе. Biotech 2019 өйрәнү - nCoV анализы түбән Ct күрсәтте. Процент значений (<20 Ct) соверил 50,3%, а всоких значений Ct (36-40 Ct) соверил 3,2%. Кыйммәтләр проценты (<20 Ct) 50,3%, һәм югары Ct кыйммәтләре (36-40 Ct) 3,2% иде.Эбботт SARS-CoV-2 B тесты Ct кыйммәтләрен 30дан арттырды. Икенче яктан, BGI SARS-CoV-2 анализында ORF1a / b генның югары Ct кыйммәте булган (> 36 Ct) процент 4% иде (1 нче рәсем). Икенче яктан, BGI SARS-CoV-2 анализында ORF1a / b генның югары Ct кыйммәте булган (> 36 Ct) процент 4% иде (1 нче рәсем). С. Икенче яктан, BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a / b анализында югары Ct кыйммәте булган (> 36 Ct), аларның проценты 4% иде (1 нче рәсем).另一方面，在 BGI SARS-CoV-2 检测中， ORF1a / b 基因具有高 Ct 值（> 36 Ct ）的百分比为 4% （图 1 ）。 Икенче яктан, BGI SARS-CoV-2 ачыклауда, югары Ct бәясе (> 36 Ct) булган ORF1a / b генның проценты 4% тәшкил итә (1 нче рәсем). С. Икенче яктан, BGI SARS-CoV-2 анализында, югары Ct кыйммәтләре булган (> 36 Ct) ORF1a / b геннарның проценты 4% иде (1 нче рәсем).
Бу тикшеренүдә без 164 насофарингаль үрнәк алдык. Барлык төр анализлар өчен дә РНК изоляциясе һәм көчәйтү тиешле җитештерүчеләр тәкъдим иткән ысуллар һәм комплектлар ярдәмендә башкарылды.
Бу тикшеренү Эбботтның SARS-CoV-2 өчен сынавы CRS белән бер үк күрсәткечкә ия булуын күрсәтте, 100% уңай, тискәре һәм гомуми конкорденция. Коэнның каппа килешүе 1.00, CRS белән тулы килешүне күрсәтә. АКШтагы Вашингтон Университеты тарафыннан үткәрелгән шундый ук тикшеренүдә ачыкланганча, SARS-CoV-2 өчен Эбботт тестының гомуми сизгерлеге һәм үзенчәлеге, CDC лабораториясе белән билгеләнгән анализ (LDA) белән чагыштырганда, 93% һәм 100% булган. . 11. Эбботт SARS-CoV-2 ачыклау системасы N һәм RdRp геннарын берьюлы берләштерелгән ачыклауга нигезләнгән, чөнки ике ген да сизгеррәк, ялган тискәре якларны киметәләр12. Венада, Австриядә үткәрелгән тикшеренү шулай ук ​​күрсәтте: зур чыгару үрнәге күләмнәре һәм ачыклау элуент күләмнәре эретү эффектларын киметтеләр һәм ачыклау эффективлыгын арттырдылар13. Шулай итеп, Эбботтның SARS-CoV-2 анализы өчен иң яхшы матчы платформа ачыклау системасы белән бәйләнештә булырга мөмкин, ул бер үк вакытта комбинатор геннарын ачыклый, күп санлы үрнәкләр чыгара һәм күп күләмдә элуент куллана (40 µл).
Безнең нәтиҗәләр шулай ук ​​күрсәтте, Daan генетик тестын ачыклау эше CRSныкы белән диярлек. Бу Кытайның Хуайнандагы Анхуи университетында үткәрелгән 14 тикшеренү белән туры килә, һәм җитештерүче 100% уңай килешү таләп итә. Эзлекле нәтиҗәләр турында хәбәр итүгә карамастан, бер үрнәк шул ук элуатны кире кайтарганнан соң ялган тискәре иде, ләкин Эбботт SARS-CoV-2 һәм Sansure Biotech nCoV-2019 анализларында уңай иде. Бу төрле анализлар буенча нәтиҗәләрдә үзгәрүчәнлек булырга мөмкинлеген күрсәтә. Шуңа да карамастан, Кытайда үткәрелгән тикшеренүләрдә, Daan Gene анализы лабораториясе белән билгеләнгән белешмә анализы белән чагыштырганда аерылып торды (p <0.05). Шуңа да карамастан, Кытайда үткәрелгән тикшеренүләрдә, Daan Gene анализы лабораториясе белән билгеләнгән белешмә анализы белән чагыштырганда аерылып торды (p <0.05). Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат мата Даан Ген значительно отличался (p <0,05) от лабораторного э эконного матаа. Ләкин, Кытайда үткәрелгән тикшеренүдә, Даан Генның анализ нәтиҗәләре лаборатория анализыннан шактый аерылып торды (p <0.05).然而，在中国进行的研究中 15 ，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0.05 ）。然而，在中国进行的研究中 15 ，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, резулататы чететического теста Даан значительно отличались (p <0,05) по сравнению с его э эжононным лаборатормным ссом. Ләкин, Кытайдагы 15 тикшеренүләрдә, Даанның генетик тесты нәтиҗәләре лаборатория тесты белән чагыштырганда аерылып торды (p <0.05).Бу туры килмәү SARS-CoV-2ны ачыклау өчен белешмә тестның сизгерлегенә бәйле булырга мөмкин, һәм сәбәпне ачыклау өчен алдагы тикшеренүләр мөһим булырга мөмкин.
Моннан тыш, безнең тикшерү SARS-CoV-2 BGI анализының CRS белән чагыштырма күрсәткечләрен бәяләде, искиткеч уңай процент килешүен күрсәтте (PPA = 97,9%), тискәре процент килешүе (NPA = 100%), һәм гомуми процент килешүе җенес буенча ( ОПА). ). = 98,8%). Коэнның Каппа кыйммәтләре яхшы килешүне күрсәттеләр (K = 0.975). Нидерланд16 һәм Китай15 тикшеренүләре эзлекле нәтиҗәләр күрсәттеләр. SARS-CoV-2 BGI тесты - бер ген (ORF1a / b) 10 µл көчәйтү / ачыклау элуаты ярдәмендә ачыклау тесты. Безнең белешмә нәтиҗәләр белән яхшы статистик килешүгә карамастан, анализ гомуми үрнәкнең ике уңай үрнәген (1,22%) сагынды. Бу пациентта да, җәмгыять дәрәҗәсендә дә тапшыру динамикасы өчен зур клиник тәэсиргә китерергә мөмкин.
Бу тикшеренүгә кертелгән тагын бер чагыштырма анализ Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) анализы булды; матчның гомуми проценты 96,3% иде. Килешү көче шулай ук ​​Коэнның Каппа бәясе белән билгеләнде, ул 0.925 иде, бу CRS белән тулы килешүне күрсәтә. Яңадан, безнең нәтиҗәләр Кытайның Чаншадагы Southзәк Көньяк Университетында, һәм Лючжоу Халык Хастаханәсенең Клиник Лаборатория бүлегендә, Кытайның Лючжоу шәһәрендә үткәрелгән тикшеренүләргә охшаш. Aboveгарыда күрсәтелгән яхшы статистик конкорденция язылган булса да, хи-квадрат тест (MacNemar тесты) Sansure Biotech анализы нәтиҗәләре CRS белән чагыштырганда статистик яктан зур аерма булганын күрсәтте (p <0,005). Aboveгарыда күрсәтелгән яхшы статистик конкорденция язылган булса да, хи-квадрат тест (MacNemar тесты) Sansure Biotech анализы нәтиҗәләре CRS белән чагыштырганда статистик яктан зур аерма булганын күрсәтте (p <0,005). НСмотря на То, Что быловано Уто адзечесе Хорошелоано Уто результат конса биоте стически значимое различие по укнению с срс (б <0,005). Aboveгарыда яхшы статистик килешү язылган булса да, хи-квадрат тест (МакНемар тесты) күрсәтте, Sansure Biotech анализы нәтиҗәләре CRS белән чагыштырганда статистик яктан зур аерма булган (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（ MacNemar 检验）表明， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异（ p <0,005 ）。（（ 记录 了 （（ （（ （（ （（ （（ （（ （（ （（ （（ n （（ n （（ n <<0.00 0.00 <0.00 <<0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 。。。）））） Несмотря на отмеченное вше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-зира (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p <0,005) между Сатуре Биотех и CRS. Aboveгарыда күрсәтелгән яхшы статистик килешүгә карамастан, хи-квадрат тест (МакНемар тест) Sansure Biotech анализы һәм CRS арасында статистик яктан зур аерманы күрсәтте (p <0,005).Алты үрнәк (3,66%) CRS белән чагыштырганда ялган тискәре дип табылды (өстәмә таблица 1); бу бик мөһим, аеруча вирус таралу динамикасын исәпкә алып. Aboveгарыдагы мәгълүматлар шулай ук ​​түбән ачыклау дәрәҗәсен хуплый15.
Бу тикшеренүдә Ct кыйммәтләре һәр анализ һәм тиешле платформа өчен билгеләнде, иң түбән уртача Ct бәясе Abbott SARS-CoV-2 анализында хәбәр ителде. Бу нәтиҗә Эбботтның SARS-CoV-2ны ачыклау өчен бер үк вакытта генетик тикшерү системасы белән бәйле булырга мөмкин. Шуңа күрә, 1 нче рәсем буенча, Эбботт SARS-CoV-2 нәтиҗәләренең 87,6% Ct кыйммәтләре 20 дән түбән иде. 20-30 диапазонында аз санлы үрнәк нәтиҗәләре (12,4%) булган. 30 дан артык Ct кыйммәтләре язылмаган. Эбботтның SARS-CoV-2 панель генетик тест форматын куллануга өстәп, бу нәтиҗә түбән ачыклау лимиты (32,5 РНК копия / мл) 18 белән бәйле булырга мөмкин, бу компаниянең 100 РНК копиясенең түбән лимитыннан өч тапкыр түбән. / мл. мл) 19.
Бу тикшерүнең кайбер чикләүләре бар: беренчедән, бездә ресурслар булмау аркасында стандарт / белешмә ысуллар юк (мәсәлән, вируслы йөк яки башка лаборатория тестлары). Икенчедән, бу тикшеренүдә кулланылган барлык үрнәкләр назофарингаль сваблар иде, нәтиҗәләр башка үрнәк төрләренә кагылмады, өченчедән, безнең үрнәк күләме кечкенә иде.
Бу тикшеренү SARS-CoV-2 өчен дүрт rRT-PCR анализы насофарингаль үрнәкләрен кулланып чагыштырды. Барлык ачыклау анализлары чагыштырма диярлек булган, Sansure Biotech анализыннан кала. Моннан тыш, Sansure Biotech анализында түбән уңайлык дәрәҗәсе CRS белән чагыштырганда ачыкланган (p <0.05). Моннан тыш, Sansure Biotech анализында түбән уңайлык дәрәҗәсе CRS белән чагыштырганда ачыкланган (p <0.05). Кромеге Того, в Те Сансуре Биотехник был вызвлен низкий пол положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). Моннан тыш, Sansure Biotech тесты CRS белән чагыштырганда уңай нәтиҗәләрнең түбән процентын күрсәтте (p <0.05).此外，与 CRS 相比， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外，与 CRS 相比， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 Кроме того, мат Сансуре Биотехник Имел более низкий оровень положительных результатов по сравнению с CRS (p <0,05). Моннан тыш, Sansure Biotech анализы CRS белән чагыштырганда түбән уңайлыкка ия ​​булган (p <0.05).Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) PPA, NPA анализы һәм гомуми килешү Коэн Каппаның килешү бәясе 0,925 булган 93,5% тан артты. Ниһаять, Sansure Biotech Assay (RUO) Эфиопиядә куллану өчен тагын да расланырга тиеш, һәм аерым җитештерүчеләрнең дәгъваларын бәяләү өчен өстәмә тикшеренүләр каралырга тиеш.
Чагыштырма өйрәнү дизайны Аддис-Абебадагы дүрт сәламәтлек саклау учреждениесендә, Эка Котебе хастаханәсендә, Меңьеллык чиркәүне дәвалау үзәгендә, Зевудиту мемориаль хастаханәсендә һәм Санкт-Петербург туберкулез белгече хастаханәсендә үткәрелде. Мәгълүматлар 2020 елның 1 декабреннән 31 декабренә кадәр тупланган. Бу тикшерү өчен медицина учреждениеләре күп санлы очракларга һәм шәһәрдә эре дәвалау үзәкләренең булуына карап максатчан сайланган. Шулай ук, инструментлар, шул исәптән ABI 7500 һәм Abbott m2000 реаль вакыттагы PCR кораллары, NAAT реагент җитештерүчеләре тәкъдимнәре буенча сайланды, һәм бу тикшерү өчен дүрт PCR ачыклау комплекты сайланды, чөнки Эфиопиянең күпчелек лабораторияләре ким дигәндә кулланган. дүртесе. Ген тесты, Эбботт SARS-CoV-2 тесты, Sansure Biotech тесты, һәм өйрәнү вакытында башкарылган SARS-CoV-2 BGI тесты).
SARS-CoV-2 өчен сынау 2020-нче елның 1-нче декабреннән 30-нчы декабренә кадәр 3 мл вируслы транспорт урта (VTM) (Могҗиза технологиясе, Шэньчжэнь, Китай) EPHI дип аталган COVID-19 өчен тикшерелгән кешеләрдән үткәрелде. Насофарингаль үрнәкләр әзерләнгән үрнәк җыючылар тарафыннан җыелган һәм өч пакетта EPHIка җибәрелгән. Нуклеин кислотасын изоляцияләгәнче, һәр үрнәккә уникаль идентификацион номер бирелә. Чыгару һәр үрнәктән кул белән һәм автоматик чыгару ысулларын кулланып шунда ук башкарыла. Шулай итеп, Abbott m2000-ны автоматик чыгару өчен, һәрбер үрнәктән 1,3 мл (шул исәптән 0,8 мл үлгән күләм һәм 0,5 мл чыгару күләме) алынды һәм Эбботт ДНК үрнәген әзерләү системасы аша (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, АКШ). ) 96 партия [92 үрнәк, ике ачыклау контроле һәм ике шаблон булмаган контроль (NTC)] реаль вакытта ике тур SARS-CoV-2 (EUA) гомуми процесска (алу һәм ачыклау) кертелде. казу. Шулай ук, кул белән чыгару өчен, шул ук үрнәкләрне кулланыгыз (автоматик чыгару һәм ачу өчен). Шулай итеп, бар процесс дәвамында, QIAamp Вируслы RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Хилден, Германия) ярдәмендә 140 µл үрнәк аликотацияләнде һәм тугыз турда 24 партиядә (20 үрнәк, ике анализ һәм ике НТС). Кул белән чыгарылган элуатлар көчәйтелде һәм ABI 7500 җылылык велосипедчысы ярдәмендә SARS-CoV-2 BGI анализы, Daan Gen анализы һәм Sansure Biotech анализы ярдәмендә ачыкланды.
SARS-CoV-2 вируслы РНКны автоматлаштырылган изоляцияләү һәм чистарту Абботт ДНК үрнәген әзерләү реагентларын кулланып магнит мишәр принцибы буенча бара. Samрнәкләрне инактивлаштыру һәм вирус кисәкчәләрен эретү, гуанидин изотиокянаты булган юу юлы белән, протеинны денатурацияләү һәм RNaseны инактивлаштыру өчен башкарыла. Аннары РНК протеиннан кремний ярдәмендә каты фаза белән аерыла, ягъни гуанидиний тозы һәм лизис буферының эшкәртүле pH нуклеин кислоталарын кремний белән бәйләргә ярдәм итә (SiO2). Чистарту адымы ачык чишелеш чыгару өчен калган аксымнарны һәм калдыкларны бетерә. Ачык РНК коралның магнит кыры ярдәмендә кремний нигезендәге микропартиклардан изоляцияләнгән20,21. Икенче яктан, РНКны кул белән изоляцияләү һәм чистарту магнит стенды урынына центрифугация һәм элуенттан микропартикларны аеру спин баганасы ысулы белән башкарыла.
Эбботт Реаль Вакыт SARS-CoV-2 Ачыклау Тесты (Эбботт Молекуляр, Inc.) җитештерүче күрсәтмәсе буенча башкарылды, алар БСО һәм FDAдан EUA19,22 алган. Бу протоколда, чыгару алдыннан үрнәк инактивлаштыру 56 минутта 30 минутта су мунчасында башкарылды. Вирус инактивацияләнгәннән соң, Абботт m2000 SP коралында 0,5 мл ВТМдан Абботт m2000 ДНК үрнәген әзерләү системасы ярдәмендә нуклеин кислотасы чыгару башкарылды. җитештерүче сүзләре буенча. Көчләндерү һәм ачыклау Abbott m2000 RT-PCR коралы ярдәмендә башкарылды, һәм RdRp һәм N геннары өчен икеләтә ачыклау үткәрелде. ROX) һәм VIC P (хуҗалык буяу) максатчан һәм эчке контрольне ачыклау өчен, ике көчәйтү продуктын берьюлы ачыкларга мөмкинлек бирә 19.
Бу комплектның көчәйтүне ачыклау ысулы бер адымлы RT-PCR технологиясенә нигезләнгән. ORF1a / b һәм N геннары максатлы төбәк көчәйтүен ачыклау өчен Daan Gen Technology тарафыннан сакланган төбәкләр итеп сайланган. Конкрет праймериз һәм флуоресцент пробалар (FAM белән язылган N ген пробалары, VIC белән тамгаланган ORF1a / b пробалары) үрнәкләрдә SARS-CoV-2 RNA табу өчен эшләнгән. Соңгы элуент һәм мастер катнашмалар 5 µл элуентны 20 µл мастер катнашмасына соңгы 25 µл күләменә кушып әзерләнде. Көчләндерү һәм ачыклау бер үк вакытта ABI 750024 реаль вакыттагы PCR коралында башкарылды.
ORF1a / b һәм N геннары Sansure Biotech nCoV-2019 Нуклеин кислотасы диагностик комплекты ярдәмендә табылды (флюоресцент PCR ачыклау). ORF1a / b өлкәсе өчен FAM каналын һәм N ген өчен ROX каналын сайлап, һәрбер максатлы ген өчен махсус тикшерүләр әзерләгез. Бу анализ комплектына элуент һәм мастер микс реагентлары түбәндәгечә өстәлә: ачыклау / көчәйтү өчен 30 µл мастер катнаш реагент һәм 20 µл сайланган үрнәк әзерләгез. Реаль вакыт PCR ABI 750025 көчәйтү / ачыклау өчен кулланылды.
SARS-CoV-2 BGI тесты - COVID-19 диагнозы өчен реаль вакыттагы rRT-PCR комплекты. Максатлы төбәк SARS-CoV-2 геномының ORF1a / b төбәгендә урнашкан, бу бер генны ачыклау ысулы. Моннан тыш, кеше хуҗалыгында ген act-актин - эчке көйләнгән максатлы ген. Мастер катнашма 20 µл мастер катнаш реагентны һәм 10 µл чыгарылган РНК үрнәген кое тәлинкәсенә кушып әзерләнә26. АБИ 7500 флюоресцент санлы реаль-вакыт PCR коралы көчәйтү һәм ачыклау өчен кулланылды. Барлык нуклеин кислотасын көчәйтү, PCR эшкәртү шартлары, нәтиҗәләрне аңлату тиешле җитештерүче күрсәтмәләре буенча башкарылды (таблица 3).
Бу чагыштырма анализда без дүрт анализ өчен процент килешүен (уңай, тискәре һәм гомуми) һәм башка чагыштыру параметрларын билгеләү өчен белешмә стандарт ысул кулланмадык. Eachәрбер тест чагыштыру CRS белән эшләнде, бу тикшеренүдә CRS "теләсә нинди уңай" кагыйдә белән билгеләнде һәм нәтиҗә бер тест белән түгел, ә ким дигәндә ике туры килгән тест нәтиҗәләрен кулландык. Моннан тыш, COVID-19 тапшыру очракларында ялган тискәре нәтиҗәләр ялган уңай нәтиҗәләргә караганда куркынычрак. Шуңа күрә, CRS нәтиҗәләреннән мөмкин кадәр төгәл "уңай" дип әйтү өчен, ким дигәндә ике анализ тесты уңай булырга тиеш, димәк, ким дигәндә бер уңай нәтиҗә EUA анализыннан булырга мөмкин. Шулай итеп, дүрт тест нәтиҗәләреннән бер үк нәтиҗә биргән ике яки күбрәк тест нәтиҗәләре чын уңай яки тискәре санала 18,27.
Мәгълүматлар структуралаштырылган мәгълүмат алу формалары ярдәмендә җыелды, мәгълүмат кертү һәм анализ Excel статистик программа тәэминаты һәм тасвирлау статистикасы өчен SPSS 23.0 версиясе ярдәмендә башкарылды. Позитив, тискәре һәм гомуми процент килешүе анализланды, һәм Kappa баллы CRS белән һәр ысулның килешү дәрәҗәсен билгеләү өчен кулланылды. Каппа кыйммәтләре түбәндәгечә аңлатыла: йомшак килешү өчен 0,01 - 0,20, гомуми килешү өчен - 0,21 - 0,40, уртача килешү өчен - 0,41-0,60, төп килешү өчен - 0.61-0.80 һәм тулы килешү өчен - 0.81-0.99.
Этик чистарту Аддис-Абеба университетыннан алынган һәм бу өйрәнү өчен барлык эксперименталь протоколлар Эфиопия Халык Сәламәтлеге Институтының Фәнни Этика Тикшерү Советы тарафыннан расланган. EPHI этикасы лицензиясенә сылтама номеры - EPHI / IRB-279-2020. Барлык ысуллар да COVID-19-ны дәвалау өчен Эфиопия Милли Комплекслы күрсәтмәләренең тәкъдимнәре һәм нигезләмәләре нигезендә кулланылды. Моннан тыш, өйрәнүдә катнашканчы, барлык катнашучылардан язмача рөхсәт алынган.
Бу тикшеренүдә алынган яки анализланган барлык мәгълүматлар бу басылган мәкаләгә кертелгән. Бу тикшеренү нәтиҗәләрен раслаучы мәгълүматлар тиешле сорау буенча тиешле автордан бирелә.
Бөтендөнья сәламәтлек саклау оешмасы. COVID-19 өчен лаборатория сынау стратегиясе өчен тәкъдимнәр: Вакытлыча җитәкчелек, 21 март, 2020 No. WHO / 2019-nCoV / lab_testing / 2020.1 (БСО, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 Ашыгыч ярдәм бүлегендә акыллы диагностика: Барлык практикада. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 Ашыгыч ярдәм бүлегендә акыллы диагностика: Барлык практикада.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. and Gurgulianis, KI ашыгыч ярдәм бүлегендә COVID-19 интеллектуаль диагнозы: барысы да практикада.Muliou DS, Pantazopoulos I. һәм Gurgulyanis KI ашыгыч ярдәм бүлекләрендә COVID-19 интеллектуаль диагнозы: практикада ахырдан интеграция. Эксперт хөрмәт. медицина. 3, 263–272 (2022).
Митчелл, SL & Сент Джордж, К. COVID19 ID-ны хәзерге вакытта EUA анализы. Митчелл, SL & Сент Джордж, К. COVID19 ID-ны хәзерге вакытта EUA анализы.Митчелл, С.Л. һәм Сент-Джордж, К.Митчелл С.Л. һәм Санкт-Джордж К. COVID19 ID-ны хәзерге EUA анализы. Дж. Клиник. Вирус. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
БСО. Кеше авыруында шикләнелгән коронавирус авыруы лабораториясе 2019 (COVID-19). https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (2020 елның 15 августына кертелгән) (БСО, 2020).
Удугама, Б. һ.б. COVID-19 диагнозы: авырулар һәм тест кораллары. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Сәед С. һ.б. Көнчыгыш, Centralзәк һәм Көньяк Африка патологлары колледжын булдыру - Якын Көнчыгыш һәм Көньяк Африка региональ патология мәктәбе. Африка. Дж. Лаборатория. медицина. 9 (1), 1-8 (2020).
Эфиопия Халык сәламәтлеге институты, Федераль Сәламәтлек саклау министрлыгы. COVID-19 лаборатория диагнозы өчен вакытлыча милли стратегия һәм күрсәтмә. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (2020 елның 12 августына кертелгән) (EPHI, 2020).
Волошин, С., Патель, Н. & Кессельхайм, AS SARS-CoV-2 инфекция проблемалары һәм нәтиҗәләре өчен ялган тискәре тестлар. Волошин, С., Патель, Н. & Кессельхайм, AS SARS-CoV-2 инфекция проблемалары һәм нәтиҗәләре өчен ялган тискәре тестлар.Волошин С., Патель Н. һәм Кессельхайм AS SARS-CoV-2 инфекцияләре һәм аларның нәтиҗәләре өчен ялган-тискәре тестлар.Волошин С., Патель Н. һәм Кессельхайм А.С. Провокация һәм SARS-CoV-2 инфекциясенең йогынтысы өчен ялган-тискәре тестлар. Н. Медицина. 383 (6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ялган-позитив һәм ялган-тискәре COVID-19 очраклары: Сулыш алу профилактикасы һәм идарә итү стратегиясе, вакцинация һәм алга таба перспективалар. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ялган-позитив һәм ялган-тискәре COVID-19 очраклары: Сулыш алу профилактикасы һәм идарә итү стратегиясе, вакцинация һәм алга таба перспективалар. Мулиу, ДС & Гургулианис, К.И. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI COVID-19ның ялган һәм уңай тискәре очраклары: сулыш юлларын профилактикалау һәм дәвалау стратегиясе, прививкалар һәм алга юл.Muliu, DS һәм Gurgulianis, KI COVID-19ның ялган-позитив һәм ялган-тискәре очраклары: сулыш юлларын профилактикалау, дәвалау, прививкалар һәм алга юл. Эксперт хөрмәт. медицина. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 ашыгыч ярдәм бүлегендә диагноз: Агачны күрү, ләкин урманны югалту. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 ашыгыч ярдәм бүлегендә диагноз: Агачны күрү, ләкин урманны югалту.Mouliou, DS, Ioannis, P. and Konstantinos, G. COVID-19 Ашыгыч ярдәм бүлегендә диагноз: Агачны кара, Урманны югалт.Muliou DS, Ioannis P., and Konstantinos G. COVID-19 Ашыгыч бүлмәләрдә диагноз: Агачлар өчен урман җитми. Күренү. медицина. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Дегли-Ангели, Э. һ.б. Абботт RealTime SARS-CoV-2 анализының аналитик һәм клиник күрсәткечләрен тикшерү һәм раслау. Дж. Клиник. Вирус. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Моллаи, Кадрлар, Афшар, А.А., Калантар-Нейстанаки, Д., Фазлалипур, М. & Афлатонян, Б. Моллаи, Кадрлар, Афшар, А.А., Калантар-Нейстанаки, Д., Фазлалипур, М. & Афлатонян, Б.Моллаи, Кадр, Афшар, А.А., Калантар-Нейстанаки, Д., Фазлалипур, М. һәм Афлатунян, Б. Моллаи, Кадр, Афшар, А.А., Калантар-Нейстанаки, Д., Фазлалипур, М. & Афлатунян, Б. 比较来自 COVID-19 不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Моллаи, Кадрлар, Афшар, А.А., Калантар-Нейстанаки, Д., Фазлалипур, М. & Афлатонян, Б.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. and Aflatunyan B. Гадәттәге RT-PCR вируслы инфекцияне ачыклау өчен COVID-19 геномының төрле төбәкләреннән биш комплект примерны чагыштыру.Иран. Дж. Микробиология. 12 (3), 185 (2020).
Гертцер, И. һ.б. SARS-CoV-2 геном эзлеклелеген ачыклау өчен милли тышкы сыйфат бәяләү программасының башлангыч нәтиҗәләре. Дж. Клиник. Вирус. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Ван, М. һ.б. Коронавирусның кискен кискен сулыш синдромы өчен биш RT-PCR комплектының эффективлыгын аналитик бәяләү. Дж. Клиник. лаборатория. анус. 35 (1), e23643 (2021).
Ван Б. һ.б. Кытайда полимераз чылбыр реакциясе (PCR) нигезендә Кытайда сатыла торган җиде SARS-CoV-2 RNA ачыклау комплектын бәяләү. клиник. Химик. лаборатория. медицина. 58 (9), e149 - e153 (2020).
ван Кастерен, ПБ һ.б. Sevenиде коммерция RT-PCR COVID-19 диагностик комплектын чагыштыру. Дж. Клиник. Вирус. 128, 104412 (2020).
Лу, Yu, һ.б. SARS-CoV-2 нуклеин кислоталарын ачыклау өчен ике PCR комплектының диагностик күрсәткечләрен чагыштыру. Дж. Клиник. лаборатория. анус. 34 (10), e23554 (2020).
Лефарт, PR һ.б. Дүрт SARS-CoV-2 нуклеин кислотасын көчәйтү сынау (NAAT) платформасын чагыштырма тикшерү күрсәткәнчә, пациент һәм үрнәк төренә карап ID NOW күрсәткечләре сизелерлек бозылган. диагноз. микробиология. Инфекция. дисс. 99 (1), 115200 (2021).
Эбботт молекуласы. Эбботт реаль вакыттагы SARS-CoV-2 анализ пакеты кертү. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (2020 елның 10 августына) (2020).
Клейн, С. һ.б. RT-qPCR һәм RT-LAMP тарафыннан зур масштаблы ачыклау өчен магнит мишәрләр кулланып SARS-CoV-2 RNA изоляциясе. Вирус 12 (8), 863 (2020).