Нат Меди | Интеграль шешне туплау өчен күпмик алым

Нат Меди | Интеграль шешне, иммуналь һәм микробиаль рак пейзажын туплау өчен күпмик алулар микробиомның иммун системасы белән үзара бәйләнешен күрсәтә
Соңгы елларда төп колон рак өчен бик күп өйрәнелгән булса да, хәзерге клиник күрсәтмәләр (MMR). Тикшерүчеләр, генос белән иммунга җаваплар, микроблиаль профильләр, һәм шеш атласы (ТКГА) Колорекаль Рак Которт һәм пациентлар белән шашлык.

Тикшеренүләр алга киткәндә, төп колорекаль ракның санлы санлы үзенчәлекләре буларак, шул исәптән төп төшү кәрәзле рак яки микробиаль микробиаль микробиаль түгел, клиник нәтиҗәләр белән шактый коррелеп хәбәр ителде, аларның үзара бәйләнешләренә пациентларның пациент нәтиҗәләренә ничек тәэсир итә.
Фетнотик катлаулылык һәм нәтиҗәләрне фатерлык белән бәйләнешне төшерү өчен, Катардагы Сидра медицина тикшеренүләре институтыннан күптән түгел, микробиом характеристикаларын берләштереп, интеграль балл һәм расланган интеграль балл һәм расланган интеграль балл һәм расланган интеграль балл һәм расланган интеграль балл белән, (ICR). Команда шеш-чараның төп геномик анализы, шул исәптән җирәнгеч яман токымнар белән, шул исәптән югары эзлекле геномик анализ ясады, бөтен чыбык эзләнүе һәм 16с бактерия ремонты мәсьәләсе, микробиоманы алга таба характерлау өчен тулыландырылган. Тикшеренү табигать медицинасында "Интеграль шеш, иммун һәм микробиом атласы" Голон яман атласы ".

Табигать медицинасында басылган мәкалә

AC-ICAM күзәтү

Тикшерүчеләр яңа туңдырылган шеш үрнәген анализлау өчен ортогональ геномик платформа кулландылар (шеш-нормаль парлар) пациентлардан системалы терапиядә гистон рак диагнозы булган. Бөтен экслы эзлеклелеккә нигезләнеп (Wes), RNA-SEQ мәгълүматлары сыйфаты белән бәйле, һәм 348 пациенттан геномик мәгълүматлар сакланды һәм 4,6 яшьтән узган Медианның арткы анализы өчен кулланылды. Тикшеренү җыелмасы Бу ресурс Сидра-Лумк AC-ICAM дип аталган Тикшерү: Карт һәм иммун-рак-микробиоми бәйләнеше (Рәсем 1).

ICR ярдәмендә молекуляр классификация

Тикшеренү төркеме чакырылган имти-контроль өчен өзлексез рак имбунохурвурвурвулиллационны төшерү, тикшеренү командасы аны 20 генома төркеменә, шул исәптән төрле яман шеш авыруы, күкрәк яман шеш авыруы турында оптимальләштерде. ICR шулай ук ​​төрле яман шеш төрендә, күкрәк яман шеш авыруларында иммунотерапия җаваплары белән бәйле.

Беренчедән, тикшерүчеләр когортны өч кластерга / имбунга нигезләнгән классификация алуларын исәпкә алып, югары icr (кайнар шеш), урта icR (салкын шеш) (салкын шеш) (1 нче рәсем). Тикшерүчеләр иммун омтылышы белән бәйле иммун тизлек белән бәйле иммун тизлек, CMSS), Күчмә яман шеш авыруы белән бәйле иммун тизлек. CMS категорияләре CMS1 / иммун, CMS2 / Каноник, CMS3 / Метаболик һәм CMS4 / Месенчимал. Анализ күрсәткәнчә, б

Барлык СМСларда табигый үтерүче муллыгы (NK) Cluk Cernyгары имбун субсентларында иң югары

Рәсем 1. AC-icam өйрәнү дизайны, иммун белән бәйле ги имзасы, иммун һәм молекуляр фортипиплары һәм яшәве.
Chr шеш баетылган, клональләштерелгән t күзәнәкләрен яулый
Тумор тукымаларының азчылыгы гына шеш антигеннары өчен конкрет дип хәбәр ителде (10% тан ким). Шуңа күрә, шеш-чар камераларының күпчелеге күзәнәкләр кебек дип атала (бөртекләр бөртеге). Конгресслы TCRS белән капланган TCRS санлы иң көчле корреляция стромаль күзәнәкләр һәм Леукоцит субпопуляцияләрендә күзәтелде (THNA-SEQ белән ачыкланган), терс күзәнәк подполкасы (2 нче рәсем) белән кулланылырга мөмкин. ICR кластерларында (гомуми һәм CMS классификацияләү), иммуник Сак ТКРС Бөтен транскрипция коммерциясен кулланып (18,270 ген), алты icn геннары (CCL5, GZMA, CSMMATS, TR иммун сына клоналит белән бәйләнгән иң яхшы ун геогы (2 нче рәсем). Иммуносек ТКР клоналиты шеш-җаваплы CD8 + маркерларны кулланып күзәтелә (2Ф рәсеме 2F һәм 2G). Ахырда, югарыдагы анализ ибр имзасы шеш баетуының шеш баетылган, клоли белән көчәйтелгән t күзәнәкләрен яулап алуын күрсәтә һәм аның прогнозик очракларын аңлатырга мөмкин.

Рәсем 2. TR MERTIRS һәм иммун белән иммун белән иммун һәм молекуляр фортипиплары булган корреляция.
Сәламәт һәм Колон рак тукымаларында микроби композиция
Тикшерүчеләр 16-нчы РРНАны башкарган 16-нчы РРНА башкарды, 246 пациенттан (3A рәсем). Тикшерү өчен, тикшерүчеләр өстәмә 42 шеш үрнәкләреннән 16-нчы Ррна Генның экономикасы мәгълүматларын анализ ясамаган долларга туры килмәгәнгә туры китереп анализладылар. Беренчедән, тикшерүчеләр чагыштырмача шешләр һәм сәламәт колон тукымасы белән чагыштырдылар. КЛОСФРИРИВ КЛОСФРИРИНГЕНТЛАРЫ Сәлам Сәламәт үрнәкләр белән чагыштырганда шешләрдә сизелерлек артты (3A-3D). Альфа төрлелеге (күпердә бер үрнәгендә), сәламәт үрнәкләр арасында зур үзгәрешләр юк иде, һәм микробиаль төрлелекнең тыйнаклыгын icr-югары шеш белән бу шеш белән чагыштырганда күзәтелде.
Микробиаль профильләр һәм клиник нәтиҗәләр арасында клиник яктан тиешле берләшмәләр ачыклау өчен, тикшерүчеләр 16-нчы РРНА Гни Ген Ген Ген Ген Ген Пенга эзлеклелек мәгълүматларын ачыклау өчен 16-нчы RRNа Gen экономикасы мәгълүматларын ачыклау өчен. AC-Icam246, тикшерүчеләр MBR классификаторлары дип аталган esto Coeptiels (дифференциаль үлем куркынычы белән бәйле) сайланган OS Cox регрессион моделе белән эшләделәр.
Бу тренировкада когортта (icam246), аз mbr балл (MBR <0, түбән МБ) үлемнең сизелерлек куркыныч белән бәйле (85%). Тикшерүчеләр Түбән Мбрда (Риск) һәм ике мөстәкыйль расланган Кохортларда озак вакыт ассоциацияне расладылар (ICAM42 һәм TCGA-Coad). (3 нче рәсем) Тикшеренү эндогастрик Cocci һәм MBROS баллары арасында көчле бәйләнеш күрсәтте, алар шеш һәм сәламәт колон тукымаларда охшаш иде.

Рәсем 3..
Йомгаклау
Бу тикшерүдә кулланылган күпмик алулар Колорекаль яман шештәге иммуналь реакциянең молекуляр рәвештә имзасын һәм анализлый һәм микробиом һәм иммун системасы арасындагы үзара бәйләнешне күрсәтә. Тумор һәм сәламәт тукымаларның тирәнлеге tcr sucрнәкләнү ICRның прогнозы җитештерүнең прогнотик эффекты белән бәйле булуын ачыклады, мөгаен, антиген анты-конкрет сызыклар.

AC-Icam үрнәкләрендә 16s RRNA Gen Gen экономикасын анализлап, команда көчле прогнозик кыйммәт белән микроби имзаны (MBR Риск торбасы) ачыклады. Бу имза шеш үрнәгеннән алынган булса да, сәламәт колоректум һәм шеш мбр риск рискын белән көчле бәйләнеш бар иде, бу имзаны пациентларның гут микробиом составын яулап ала. ICR һәм MBR балларын берләштереп, күпмик сроклы студент биомаркерны ачыклау һәм раслап, Колон Рак белән пациентларда исән калу мөмкин иде. Тикшеренүнең күпмилик мәгълүматлары эчәк яман шеш биологиясен яхшырак аңлау ресурс бирә һәм перуша терапевтик алымнарыннан файдалана.

Белешмә:
Роендс, Дж, Куппен, PJK, Әхмәт, Ei Et AL. Идарә яман шешенең интеграль, иммун һәм микробиом атласы. Nated My 29, 1273-1286 (2023).